Covid-19: diagnostik och provtagning

Sammanfattning

Diagnostik av akut covid-19 bygger på påvisning av SARS-CoV-2 i luftvägsprov. Nukleinsyraamplifieringstest, vanligen RT-PCR, har högst känslighet och är förstahandsmetod när ett tillförlitligt svar påverkar antiviral behandling, vårdnivå, smittförebyggande åtgärder eller differentialdiagnostik. Ett positivt nukleinsyraamplifieringstest talar starkt för aktuell eller nyligen genomgången infektion, men kan inte ensamt avgöra om patienten fortfarande är smittsam. Ett negativt resultat utesluter inte infektion om provet tagits tidigt, sent, med bristande teknik eller från fel anatomisk lokal [1].

Antigentest ger vanligen svar inom 15 till 30 minuter och har hög specificitet men lägre känslighet än molekylära test. Ett positivt antigentest hos en symtomatisk person kan oftast betraktas som diagnostiskt. Ett negativt antigentest utesluter däremot inte covid-19, särskilt inte hos immunsupprimerade, svårt sjuka, asymtomatiska eller personer där antiviral behandling övervägs. Då bör negativt resultat följas av molekylärt test eller upprepad antigenprovtagning [2].

Provtyp och provtagningsteknik är avgörande. Nasofarynxprov är en känslig referensmetod för RT-PCR. Kombinerat svalg- och näsprov, främre näsprov och vissa typer av salivprov kan användas om metoden är validerad för det aktuella analyssystemet. Vid pneumoni och upprepade negativa övre luftvägsprov kan sputum, trakealsekret eller bronkoalveolärt lavage övervägas om resultatet får klinisk betydelse. Serologi ska inte användas för rutinmässig diagnostik av akut infektion. Bilddiagnostik visar lungengagemang och komplikationer men kan inte säkert fastställa etiologin covid-19.

flowchart TD
A["Misstänkt aktuell covid-19"] --> B["Bedöm symtomduration,<br>exponering och konsekvens av svar"]
B --> C["Behövs hög diagnostisk säkerhet<br>eller påverkas behandling?"]
C -->|"Ja"| D["Ta validerat molekylärt test<br>från övre luftvägar"]
C -->|"Nej"| E["Antigentest kan användas<br>för snabbt besked"]
D --> F["Positivt resultat"]
D --> G["Negativt resultat"]
E --> H["Positivt resultat"]
E --> I["Negativt resultat"]
F --> J["Aktuell eller nyligen<br>genomgången infektion"]
H --> J
G --> K["Om låg klinisk misstanke:<br>överväg annan diagnos"]
G --> L["Om hög klinisk misstanke:<br>ny provtagning eller prov<br>från nedre luftvägar"]
I --> M["Om kvarstående misstanke:<br>molekylärt test eller<br>upprepat antigentest"]

Diagnostiskt mål och indikation för provtagning

Covid-19 avser sjukdom orsakad av SARS-CoV-2, medan SARS-CoV-2-infektion även omfattar asymtomatisk infektion. Före provtagning bör den kliniska frågan preciseras:

1. Har patienten en aktuell SARS-CoV-2-infektion?
2. Kan symtomen förklaras av covid-19?
3. Behöver patienten antiviral behandling?
4. Behövs resultatet för kohortvård, skyddsutrustning eller utbrottshantering?
5. Rör det sig om kvarstående RNA efter en tidigare infektion?
6. Finns misstanke om en sen komplikation där tidigare infektion behöver beläggas?

Provtagning är mest motiverad när svaret kan ändra handläggningen. Det gäller särskilt:

• nytillkomna luftvägssymtom eller feber hos patient med riskfaktorer för svår covid-19
• pneumoni, hypoxemi eller annan allvarlig infektion utan klar etiologi
• symtom hos immunsupprimerad patient
• misstänkt vårdrelaterad smitta eller utbrott i vård och omsorg
• behov av etiologisk diagnostik inför antiviral behandling
• inläggning där resultatet påverkar vårdplats eller infektionsförebyggande rutiner
• kontakt med bekräftat fall om resultatet får praktisk betydelse.

Bred provtagning av asymtomatiska personer utan känd exponering har låg diagnostisk avkastning när samhällsspridningen är begränsad. Risken för falskt positiva resultat i förhållande till sant positiva ökar då, framför allt vid antigentest. Screening bör därför vara riktad och bygga på ett definierat syfte, exempelvis utbrottskontroll eller skydd av särskilt sårbara patienter.

Svenska rekommendationer om vilka grupper som ska provtas, rapporteringsplikt och rutiner för personalprovtagning har ändrats flera gånger. Kliniker ska därför följa aktuella nationella och regionala anvisningar. Sådana administrativa rekommendationer ska skiljas från den medicinska bedömningen av om ett test behövs för diagnostik och behandling.

Klinisk bedömning före provtagning

Symtom och sannolikhet före test

Covid-19 kan ge feber, hosta, halsont, snuva, heshet, huvudvärk, myalgi, trötthet, dyspné, illamående, diarré samt lukt- eller smakbortfall. Symtombilden påverkas av virusvariant, tidigare infektion, vaccination, ålder och immunstatus. Hos äldre kan konfusion, fall, nedsatt aptit eller försämrat allmäntillstånd dominera. Barn har ofta ospecifika övre luftvägssymtom.

Inget enskilt symtom kan bekräfta eller utesluta covid-19. I en systematisk översikt var hostans sensitivitet 62,4 procent och specificiteten 45,4 procent. Feber hade sensitivitet 37,6 procent och specificitet 75,2 procent. Anosmi var betydligt mer specifikt, 94,2 procent, men sensitiviteten var endast 26,4 procent [3]. Även en symtomfri person kan således vara infekterad, och en typisk symtombild kan orsakas av många andra luftvägsvirus.

Sannolikheten före test bestäms av:

• symtom och symtomduration
• känd exponering
• lokal förekomst av SARS-CoV-2
• förekomst av utbrott
• tidigare covid-19 och tid sedan denna
• vaccinationsstatus
• ålder och immunstatus
• alternativ diagnos.

Testresultatet ska alltid tolkas tillsammans med denna sannolikhet. Ett negativt test har större förmåga att utesluta infektion när den kliniska sannolikheten är låg. Ett oväntat positivt resultat hos en helt asymtomatisk person i en situation med mycket låg förekomst bör värderas kritiskt och kan behöva verifieras med ett nytt molekylärt test.

Bedöm samtidigt svårighetsgrad

Mikrobiologisk diagnostik och bedömning av svårighetsgrad är två skilda processer. Provtagning får inte fördröja akut handläggning av hypoxemi, cirkulationspåverkan eller annan organsvikt.

Dokumentera åtminstone:

• andningsfrekvens
• syremättnad, och om syrgas ges
• puls och blodtryck
• temperatur
• medvetandegrad
• tecken till dehydrering
• tid från symtomdebut
• riskfaktorer för allvarlig sjukdom.

Positivt antigen- eller PCR-resultat visar inte om patienten har pneumoni, tromboembolisk komplikation eller behov av sjukhusvård. Omvänt kan allvarlig covid-19 föreligga trots negativt prov från övre luftvägarna.

Diagnostiska metoder

Molekylär diagnostik

Nukleinsyraamplifieringstest påvisar en eller flera delar av virusets RNA. RT-PCR är vanligast, men även transkriptionsmedierad amplifiering, loopmedierad isoterm amplifiering och andra automatiserade plattformar används.

Laboratoriebaserad RT-PCR är referensmetod för akut diagnostik eftersom specificiteten är mycket hög och den analytiska känsligheten vanligen överstiger antigentestens. IDSA rekommenderar molekylär provtagning av symtomatiska personer där covid-19 misstänks. Snabba molekylära test och flera provtyper från övre luftvägarna kan användas om metoden är kliniskt validerad [1].

Ett molekylärt svar bör rapporteras som påvisat, inte påvisat eller ej bedömbart. Vissa laboratorier rapporterar även svagt positivt resultat, enskild målgen eller cykeltröskelvärde. Sådana svar kräver kännedom om analysens konstruktion.

Cykeltröskelvärde

Cykeltröskelvärdet, Ct-värdet, är antalet amplifieringscykler som krävs innan signalen passerar analysens tröskel. Ett lågt värde motsvarar vanligen mer viralt RNA i provet. Ct-värdet är dock inte standardiserat mellan analyssystem och påverkas av:

• provtagningskvalitet
• provtyp
• transport och lagring
• RNA-extraktion
• målgen
• reagens och instrument
• analysens tröskelinställning.

Ct-värden från olika laboratorier eller analyssystem är därför inte direkt jämförbara. Ett enstaka Ct-värde kan inte säkert skilja tidig infektion med stigande virusmängd från sen infektion med sjunkande virusmängd. Det ska inte användas ensamt för att bestämma smittfrihet, isoleringstid eller arbetsåtergång.

Virusodling blir mindre ofta positiv vid högre Ct-värde och längre tid efter symtomdebut, men sambandet varierar kraftigt mellan studier. Vid Ct 30 har den skattade sannolikheten för positiv odling varierat från 6 till 50 procent [4]. Det finns därför inget universellt Ct-gränsvärde som säkert anger smittsamhet.

Snabba molekylära test

Patientnära molekylära test kan ge svar inom cirka 15 till 60 minuter och är särskilt användbara på akutmottagning, förlossning och vårdavdelning när snabb vårdplacering eller behandling krävs. I en metaanalys var sammanvägd sensitivitet 92,8 procent och specificitet 97,6 procent jämfört med laboratoriebaserad RT-PCR [5].

Prestanda skiljer sig mellan plattformar. Transkriptionsmedierad amplifiering hade i en senare Cochraneöversikt sensitivitet 97,6 procent och specificitet 99,4 procent. RT-PCR-metoder utan konventionell RNA-extraktion hade sensitivitet 95,1 procent och specificitet 99,7 procent. RT-LAMP hade lägre genomsnittlig sensitivitet, 88,4 procent, och resultatet varierade mellan produkter [6]. Metodnamnet räcker således inte för att bedöma ett test. Klinisk validering av den enskilda produkten är nödvändig.

Antigentest

Antigentest påvisar virusprotein, vanligen nukleokapsidprotein. De flesta patientnära test är immunkromatografiska snabbtest som avläses efter 15 till 30 minuter. De kräver större mängd virus i provet än RT-PCR.

I en omfattande Cochraneöversikt var genomsnittlig sensitivitet 73,0 procent hos symtomatiska och 54,7 procent hos asymtomatiska personer. Under första symtomveckan var sensitiviteten 80,9 procent, jämfört med 53,8 procent under andra veckan. Specificiteten var 99,1 respektive 99,7 procent [7]. En annan metaanalys fann sensitivitet 76,3 procent och specificitet 99,1 procent när tillverkarens instruktioner följdes [8].

Under omikrondominans har sammanvägd sensitivitet rapporterats till 67,1 procent och specificitet nära 100 procent. Vid Ct-värden över 25 var sensitiviteten endast 10,8 procent [9]. Resultaten kan inte utan vidare överföras till alla senare varianter eller produkter, men de illustrerar antigentestets beroende av virusmängd.

Antigentest passar bäst:

• tidigt i ett symtomatiskt förlopp
• när snabbt svar är viktigare än maximal känslighet
• när molekylärt test inte är tillgängligt i rimlig tid
• vid upprepad provtagning i ett definierat utbrott
• som komplement till klinisk bedömning, inte som ensam metod hos svårt sjuk patient.

Antigentest bör inte vara enda metod när ett falskt negativt svar kan medföra utebliven antiviral behandling, exponering av högriskpatienter eller felaktig vårdplacering. Positiva antigentest kan vanligen handläggas som infektion om den kliniska och epidemiologiska bilden är förenlig. Vid mycket låg sannolikhet före test, avvikande testutseende eller betydande konsekvenser av en falsk diagnos kan molekylär verifiering vara rimlig.

För asymtomatiska personer var sensitiviteten 55,0 procent och specificiteten 99,5 procent i en uppdaterad Cochraneöversikt. Vid en prevalens på 0,5 procent beräknades en stor andel av de positiva resultaten vara falskt positiva, trots hög specificitet [10]. Ett enstaka negativt antigentest hos en asymtomatisk exponerad person kan inte utesluta infektion.

Multiplexanalys

Multiplex-PCR kan samtidigt påvisa SARS-CoV-2, influensa A och B, RSV och ibland ytterligare luftvägspatogener. Metoden är särskilt värdefull för inneliggande patienter, immunsupprimerade och personer med allvarlig luftvägsinfektion när flera diagnoser kan påverka behandling eller vårdhygien.

Påvisning av ett annat virus utesluter inte covid-19. Samtidig influensa och SARS-CoV-2 förekommer och har i en metaanalys associerats med ungefär fördubblad risk för intensivvård och mekanisk ventilation jämfört med enbart SARS-CoV-2 [11]. Provtagningen bör därför inte avslutas enbart för att exempelvis influensa påvisats om misstanken om samtidig covid-19 kvarstår.

Val av prov och provtagningsteknik

Grundprinciper

Använd endast en provtyp som är godkänd eller lokalt validerad för det aktuella testet. Ett test som är validerat för främre näsprov kan inte utan vidare användas på saliv, svalgprov eller transportmedium. Avvikelse från tillverkarens instruktioner kan försämra både sensitivitet och specificitet.

Kontrollera före provtagning:

• patientidentitet
• tidpunkt för symtomdebut och tidigare positiva test
• vilken analys som beställs
• rätt provtagningspinne, rör och transportmedium
• om patienten har näsblödning, nyligen genomgått näskirurgi, uttalad septumdeviation eller koagulopati
• lokala krav för förvaring och transport.

Märk provet vid patienten och ange provlokal. Otillräckligt identifierade, läckande eller felaktigt förvarade prov kan behöva kasseras.

Prov från övre luftvägarna

I en Cochraneöversikt med 60 523 parade prov var vanliga salivprov och näsprov vid RT-PCR i genomsnitt 12 procentenheter mindre känsliga än nasofarynxprov. Orofarynxprov var 17 procentenheter mindre känsligt. Däremot hade gurgelprov och saliv efter harkling från djupa svalget jämförbar känslighet med nasofarynxprov, men underlaget var mindre och studiekvaliteten varierade [12].

En separat metaanalys av självinsamlad saliv fann sensitivitet 84,8 procent och specificitet 98,2 procent [13]. Det är därför missvisande att betrakta saliv som en enhetlig provtyp. Passiv dregling, spottprov, prov efter harkling och prov med absorptionspinne ger olika material. Laboratoriets instruktion ska följas exakt.

För antigentest har främre näsprov i direkta jämförelser inte visat sämre känslighet än nasofarynxprov [12]. Patienten ska dock använda den provtyp som anges för testkitet. Saliv ska inte användas med ett näsbaserat antigentest.

Praktisk provtagning från nasofarynx

1. Låt patienten snyta sig endast om det finns rikligt sekret som hindrar provtagningen.
2. Luta huvudet lätt bakåt.
3. För pinnen längs näsgolvet, parallellt med gommen, inte uppåt mot näsryggen.
4. För in till nasofarynx eller till det djup som anges i instruktionen.
5. Rotera pinnen mot slemhinnan och låt den vara kvar föreskriven tid.
6. Placera pinnen omedelbart i rätt rör.

Motstånd tidigt under införandet talar ofta för fel riktning eller anatomiskt hinder. Forcera inte. Prova andra näsborren. Vid hög blödningsrisk kan en validerad mindre invasiv provtyp väljas.

Praktisk provtagning från främre näsan

1. För in pinnen till det djup som testets instruktion anger.
2. Rotera mot näsväggen flera gånger.
3. Provta båda näsborrarna med samma pinne om instruktionen föreskriver detta.
4. Följ exakt angiven extraktionstid, antal omrörningar och antal droppar vid antigentest.

För ytlig provtagning, otillräcklig rotation eller felaktigt antal droppar kan ge falskt negativt eller ogiltigt svar.

Nedre luftvägsprov

Vid tydlig nedre luftvägssjukdom kan virusmängden vara högre eller kvarstå längre i nedre än i övre luftvägarna. Sputum eller trakealsekret är lämpligt om patienten spontant producerar material eller är intuberad. Inducerat sputum och bronkoskopi kan ge aerosolbildning och ska endast utföras om den kliniska nyttan motiverar riskerna.

Bronkoalveolärt lavage ska inte göras enbart för rutinmässig covid-19-diagnostik. Det kan övervägas vid svår eller progredierande pneumoni med upprepade negativa övre luftvägsprov, särskilt hos immunsupprimerade, eller när alternativa och samtidiga infektioner behöver diagnostiseras. I en metaanalys var SARS-CoV-2-positiviteten i bronkoalveolärt lavage efter icke-diagnostiska övre luftvägsprov 11 procent, med betydande heterogenitet mellan studierna [14].

Provtransport

Följ laboratoriets anvisningar om temperatur och maximal transporttid. Felaktigt medium kan inhibera analysen eller späda provet. Antigentest ska vanligen analyseras omedelbart och inte på prov som först lagrats i rutinmässigt virusmedium, om detta inte uttryckligen är validerat.

Tolkning av provsvar

Positivt molekylärt test

Ett tydligt positivt molekylärt test hos en person utan nylig infektion bekräftar SARS-CoV-2-infektion. Resultatet måste däremot tidsbestämmas kliniskt. RT-PCR kan förbli positiv i veckor, ibland längre, efter att replikationsdugligt virus inte längre kan påvisas.

I tidiga studier var den genomsnittliga tiden med påvisbart RNA i övre luftvägarna 17 dagar, medan levande virus sällan kunde odlas efter ungefär dag 9 hos personer utan svår immunsuppression [15]. En annan metaanalys fann att endast omkring 1 procent av PCR-positiva prov tagna senare än 10 dagar efter symtomdebut gav positiv virusodling [4]. Dessa resultat ska inte tillämpas mekaniskt på svårt immunsupprimerade, som kan utsöndra replikationsdugligt virus under längre tid.

Vid nytt positivt molekylärt test kort efter tidigare covid-19 bör följande vägas samman:

• nya symtom och ny exponering
• tid sedan föregående infektion
• om patienten varit symtomfri däremellan
• analysens mål och signalstyrka
• tidigare och aktuella provresultat
• immunstatus
• cirkulerande virusvarianter.

Sekvensering av parade prov kan i specialfall skilja reinfektion från kvarstående infektion, men görs inte rutinmässigt för individuell diagnostik.

Negativt molekylärt test

Ett negativt resultat betyder att viralt RNA inte påvisats över analysens detektionsgräns i det aktuella provet. Det utesluter inte infektion.

Vanliga orsaker är:

• prov taget mycket tidigt efter exponering
• prov taget sent i sjukdomsförloppet
• otillräcklig provtagning
• virus huvudsakligen i nedre luftvägarna
• felaktig transport eller lagring
• hämmare i provet
• mutation i en målsekvens
• administrativt fel.

I en metaanalys var den sammanvägda andelen initialt falskt negativa RT-PCR-resultat 12 procent, men variationen mellan studierna var stor och evidensens säkerhet mycket låg [16].

Upprepa provtagning när den kliniska misstanken är måttlig eller hög och svaret påverkar handläggningen. Ett nytt prov efter cirka 24 till 48 timmar är ofta rimligt, men tidpunkten ska anpassas efter exponering och symtomutveckling. Byt provlokal om nedre luftvägssjukdom dominerar. Upprepning utan förändrad tidpunkt, teknik eller provlokal ger mindre tilläggsvärde.

Positivt antigentest

Ett tydligt positivt antigentest hos symtomatisk person och vid pågående smittspridning har högt positivt prediktivt värde och behöver vanligen inte verifieras. Bekräfta med molekylärt test om:

• sannolikheten före test är mycket låg
• resultatet är svåravläst eller testet avlästes utanför angivet tidsfönster
• testresultatet får stora medicinska eller organisatoriska konsekvenser
• patientens förlopp är oförenligt med akut covid-19
• det finns misstanke om test- eller hanteringsfel.

En mycket svag testlinje inom korrekt avläsningstid räknas vanligen som positiv enligt tillverkarens instruktion. Linjens styrka ska inte användas för att bedöma sjukdomsgrad eller smittsamhet.

Negativt antigentest

Negativt antigentest minskar sannolikheten för infektion men utesluter den inte. Gör molekylärt test om:

• patienten har risk för svår sjukdom och antiviral behandling kan vara aktuell
• patienten är immunsupprimerad
• symtomen är typiska eller tilltar
• patienten har pneumoni eller hypoxemi
• resultatet påverkar kohortvård
• exponeringen är stark och provet togs tidigt.

Om molekylär diagnostik inte är tillgänglig kan antigentest upprepas efter 24 till 48 timmar. Upprepad provtagning ökar chansen att fånga den period då virusmängden passerar testets detektionsgräns, men ett negativt serietest ska fortfarande värderas mot klinisk sannolikhet.

Ogiltigt eller inkonklusivt svar

Ogiltigt antigentest, exempelvis avsaknad av kontrollinje, ska inte tolkas som negativt. Ta om provet med ett nytt test.

Inkonklusivt molekylärt resultat kan bero på mycket låg RNA-mängd, enbart en påvisad målgen, kontamination eller analytiskt fel. Diskutera vid behov med klinisk mikrobiolog. Nytt prov rekommenderas om svaret påverkar handläggningen.

Serologi

Serologi påvisar antikroppar mot SARS-CoV-2 och har ingen rutinmässig roll för diagnostik under den första eller andra sjukdomsveckan. Sensitiviteten för kombinerat IgG eller IgM var omkring 41 procent under första veckan, 75 procent under andra veckan och 88 procent under tredje veckan efter symtomdebut [17].

Serologi kan övervägas:

• vid misstänkt genomgången infektion där tidigare virusdiagnostik saknas
• som stöd vid inflammatoriskt multisystemsyndrom hos barn eller vuxna
• vid vissa postinfektiösa tillstånd efter specialistbedömning
• för epidemiologiska undersökningar
• vid utredning av avvikande immunrespons hos särskilda patientgrupper.

Vaccination komplicerar tolkningen. Vacciner inducerar huvudsakligen antikroppar mot spikeprotein. Antikroppar mot nukleokapsid talar därför mer för genomgången infektion, men känsligheten avtar med tiden och antikroppssvaret kan vara svagt hos immunsupprimerade. Ett positivt spikeantikroppstest kan inte skilja vaccination från infektion. Antikroppsnivåer ska inte användas rutinmässigt för att avgöra om en person är skyddad eller behöver vaccineras [18].

Bilddiagnostik och övriga laboratorieprov

Lungröntgen, lungultraljud och datortomografi kan påvisa pneumoni och komplikationer men är inte etiologiska test för SARS-CoV-2. Typiska fynd, såsom perifera bilaterala ground glass-förändringar, förekommer även vid andra infektioner och inflammatoriska lungsjukdomar.

I en Cochraneöversikt hade datortomografi sensitivitet 86,9 procent och specificitet 78,3 procent för covid-19 hos personer med misstänkt infektion. Motsvarande värden var 73,1 och 73,3 procent för lungröntgen samt 88,9 och 72,2 procent för lungultraljud [19]. Bilddiagnostik ska därför inte ersätta mikrobiologisk diagnostik.

Bilddiagnostik är indicerad när resultatet förväntas påverka bedömningen av:

• pneumonins utbredning
• alternativ diagnos
• lungemboli
• hjärtsvikt eller pleuravätska
• komplikationer hos försämrad patient.

Blodstatus, CRP, leverstatus, kreatinin, koagulationsprover och blodgas kan bidra till bedömning av svårighetsgrad och differentialdiagnoser men kan inte fastställa covid-19. Prokalcitonin kan inte ensamt bekräfta eller utesluta bakteriell samtidig infektion.

Differentialdiagnoser

En positiv SARS-CoV-2-analys utesluter inte annan samtidig sjukdom. Ju längre tid som gått sedan symtomdebut eller tidigare infektion, desto större risk att ett positivt PCR-resultat är ett bifynd.

Särskilda patientgrupper

Barn

Indikationerna följer i grunden samma principer som för vuxna. Test behövs när svaret påverkar behandling, smittförebyggande åtgärder eller differentialdiagnostik. Barn tolererar ofta främre näsprov bättre än nasofarynxprov.

Antigentestens sensitivitet är lägre än hos vuxna i flera material. En metaanalys av 4 400 barn fann sensitivitet 65,9 procent och specificitet 99,9 procent. Hos asymtomatiska barn var sensitiviteten 48,4 procent [20]. Negativt antigentest bör därför inte ensamt utesluta covid-19 hos barn med allvarlig sjukdom eller stark exponering.

Vid misstänkt inflammatoriskt multisystemsyndrom kan akut virusprov vara negativt eftersom tillståndet vanligen debuterar efter infektionen. Serologi kan då bidra till att belägga tidigare SARS-CoV-2-infektion.

Immunsupprimerade

Hos patienter efter organ- eller stamcellstransplantation, vid hematologisk malignitet, B-cellsdepleterande behandling eller uttalad primär immunbrist kan virusutsöndring och replikation kvarstå länge. Serologiskt svar kan saknas. Ett negativt antigentest har otillräcklig känslighet i denna grupp.

Använd i första hand molekylär diagnostik. Vid nedre luftvägssjukdom och negativt övre luftvägsprov bör nedre luftvägsprov övervägas. Serier av Ct-värden från samma analyssystem kan tillsammans med klinik och andra fynd ge viss information om förloppet, men inget enskilt värde avgör smittsamhet.

Tidigare covid-19

Hos patienter som nyligen haft covid-19 kan RT-PCR förbli positiv trots att de aktuella symtomen har annan orsak. Vid nya symtom behövs en ny klinisk bedömning, inklusive influensa, RSV, bakteriell infektion, lungemboli och postinfektiösa komplikationer. Antigentest kan ibland tala mer för en ny infektion med högre virusmängd, men ett negativt resultat utesluter inte reinfektion.

Sjukhusvårdade och svårt sjuka

Använd molekylär diagnostik, gärna snabb sådan om vårdplacering eller behandling påverkas. Vid svår luftvägsinfektion är multiplex-PCR ofta mer informativt än en analys enbart för SARS-CoV-2. Upprepa eller byt provlokal vid kvarstående hög misstanke. Bilddiagnostik och full differentialdiagnostik ska genomföras parallellt.

Uppföljning och omprovtagning

Rutinmässig PCR-kontroll för att dokumentera negativitet rekommenderas inte efter okomplicerad infektion. Långvarig RNA-positivitet är vanlig och innebär inte automatiskt fortsatt smittsamhet. Behov av smittförebyggande åtgärder ska i regel bedömas utifrån tid, symtom, sjukdomsgrad och immunstatus, med stöd av aktuella vårdhygieniska riktlinjer.

Omprovtagning är motiverad när:

• första provet var negativt men den kliniska misstanken kvarstår
• första provet kan ha varit tekniskt otillräckligt
• patienten försämras och etiologin är oklar
• nedre luftvägssjukdom tillkommer
• ett oväntat positivt screeningresultat behöver verifieras
• immunsupprimerad patient har långdraget eller recidiverande förlopp
• laboratoriet rekommenderar omprov efter inkonklusivt resultat.

Dokumentera alltid provtyp, provtagningsdatum, symtomdebut och tidigare covid-19. Den informationen är ofta mer värdefull för tolkningen än ytterligare ett ospecificerat test.

Källor

1. Hayden MK m.fl. The Infectious Diseases Society of America Guidelines on the Diagnosis of COVID-19: Molecular Diagnostic Testing (December 2023). Clinical Infectious Diseases 2024. PMID: 38112284
2. Hayden MK m.fl. The Infectious Diseases Society of America Guidelines on the Diagnosis of COVID-19: Antigen Testing (January 2023). Clinical Infectious Diseases 2024. PMID: 36702617
3. Struyf T m.fl. Signs and symptoms to determine if a patient presenting in primary care or hospital outpatient settings has COVID-19. Cochrane Database of Systematic Reviews 2022. PMID: 35593186
4. Fomenko A m.fl. Assessing severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 infectivity by reverse-transcription polymerase chain reaction: A systematic review and meta-analysis. Reviews in Medical Virology 2022. PMID: 35366033
5. Fragkou PC m.fl. Performance of point-of-care molecular and antigen-based tests for SARS-CoV-2: a living systematic review and meta-analysis. Clinical Microbiology and Infection 2023. PMID: 36336237
6. Arevalo-Rodriguez I m.fl. Laboratory-based molecular test alternatives to RT-PCR for the diagnosis of SARS-CoV-2 infection. Cochrane Database of Systematic Reviews 2024. PMID: 39400904
7. Dinnes J m.fl. Rapid, point-of-care antigen tests for diagnosis of SARS-CoV-2 infection. Cochrane Database of Systematic Reviews 2022. PMID: 35866452
8. Brümmer LE m.fl. Accuracy of rapid point-of-care antigen-based diagnostics for SARS-CoV-2: An updated systematic review and meta-analysis with meta-regression analyzing influencing factors. PLoS Medicine 2022. PMID: 35617375
9. Mohammadie ZE m.fl. Clinical performance of rapid antigen tests in comparison to RT-PCR for SARS-CoV-2 diagnosis in Omicron variant: A systematic review and meta-analysis. Reviews in Medical Virology 2023. PMID: 36790832
10. Dinnes J m.fl. Rapid, point-of-care antigen tests for diagnosis of SARS-CoV-2 infection. Cochrane Database of Systematic Reviews 2025. PMID: 41312797
11. Cong B m.fl. The role of respiratory co-infection with influenza or respiratory syncytial virus in the clinical severity of COVID-19 patients: A systematic review and meta-analysis. Journal of Global Health 2022. PMID: 36112521
12. Davenport C m.fl. The effect of sample site and collection procedure on identification of SARS-CoV-2 infection. Cochrane Database of Systematic Reviews 2024. PMID: 39679851
13. Kim DH m.fl. The diagnostic accuracy of RT-PCR from self-collected saliva versus nasopharyngeal sampling: A systematic review and meta-analysis. Saudi Medical Journal 2022. PMID: 35022280
14. Agrawal S m.fl. A systematic review and metanalysis of diagnostic yield of BAL for detection of SARS-CoV-2. Heart and Lung 2022. PMID: 34929538
15. Cevik M m.fl. SARS-CoV-2, SARS-CoV, and MERS-CoV viral load dynamics, duration of viral shedding, and infectiousness: a systematic review and meta-analysis. Lancet Microbe 2021. PMID: 33521734
16. Pecoraro V m.fl. Estimate false-negative RT-PCR rates for SARS-CoV-2. A systematic review and meta-analysis. European Journal of Clinical Investigation 2022. PMID: 34741305
17. Fox T m.fl. Antibody tests for identification of current and past infection with SARS-CoV-2. Cochrane Database of Systematic Reviews 2022. PMID: 36394900
18. Sobhani K m.fl. Clinical Utility of SARS-CoV-2 Serological Testing and Defining a Correlate of Protection. Vaccines 2023. PMID: 38005976
19. Ebrahimzadeh S m.fl. Thoracic imaging tests for the diagnosis of COVID-19. Cochrane Database of Systematic Reviews 2022. PMID: 35575286
20. Chen CC m.fl. Diagnostic accuracy of SARS-CoV-2 antigen test in the pediatric population: A systematic review and meta-analysis. Pediatrics and Neonatology 2023. PMID: 36344413